“泛转录组”首次用于RNA测序分析

科技日报实习记者 张佳欣

近日发表在《天然·法子》杂志上的1篇新论文中，美国加利福尼亚大学圣克鲁斯分校（UCSC）的钻研人员引见了有史以来第1种运用“泛转录组”剖析全基因组RNA测序数据的法子。

剖析1集体的基因表白需求将他的RNA图谱映照到1个规范参照物，以深刻理解基因在多大水平上“开启”并在体内施展功用。但当参照物不能提供足够的信息来进行精确映照时，钻研人员可能会遇到问题，这被称为参照偏差。由UCSC生物份子工程副传授本尼迪克特·帕特恩领导的1组迷信家公布了1个工具包，容许钻研人员将集体的RNA数据映照到1个更丰厚的参照物上，处理参考信息的偏差，并带来更精确的映照。

钻研人员示意，泛基因组以及转录组的结合在此前从未真正实现过，这是第1次有人尝试将泛基因组作为RNA测序图谱的规范特征。该工具将匡助世界各地努力于通过RNA测序剖析理解基因表白的钻研人员。

“有了这个工具包，咱们正在应用从泛基因组取得的更多样化的数据来改良基因表白数据的丈量，这1点在个体之间可能会有很大的差别。”帕特恩说，“这样做的目的是让

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人们在关注基因表白的钻研中感触到更多样化的数据的影响，从而更好地剖析细胞模型、无机体模型以及其余钻研利用。”

绘制RNA测序数据以理解基因表白可能很难题，由于RNA序列是由细胞机制拼接而成的，这象征着1组RNA数据可能来自基因组的非衔接区域，这使患上将它们正确地与参照物对于齐成为1种应战。这些剪接点在人类群体中因人而异其实不统1，也很难知道RNA来自哪一个单倍型。

应用新的开源工具，钻研人员可获取个体RNA的拼接片断，绘制它们在泛基因组上的排列地位，肯定数据属于哪一种单倍型，并剖析

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基因表白。

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